En Ecuador, el final del siglo XIX y el inicio del siglo XX estuvieron marcados por la inestabilidad política, con guerras internas y una sucesión de gobiernos de facto. La tensión entre conservadores y liberales no sólo se daba en el gobierno sino también en la sociedad en su conjunto.
En 1883, marchó a Quito liderando las fuerzas militares en contra de la dictadura de Veintimilla. Luego de la victoria, fue Director de Guerra del Pentavirato (Gobierno de la Restauración). En 1895, en el contexto de la Revolución Liberal liderada por Eloy Alfaro en Guayaquil, le fue ordenado detener a las fuerzas alfaristas que marchaban hacia Quito; sin embargo, en 1905, fue convocado a codificar las leyes militares promulgadas por el gobierno de Eloy Alfaro.
En dos gobiernos de facto (1895-1901 y 1906-1911), Eloy Alfaro implementó medidas de corte liberal que fueron repudiadas por las clases conservadoras, particularmente en Quito. Alfaro lideró un proceso de transformación política que incluyó la libertad de culto, la participación de la mujer en la función pública y el sufragio, la gratuidad de la educación, la eliminación de impuestos que pagaban los indígenas y la expropiación de tierras a la Iglesia Católica. Desde la Iglesia y desde la prensa se alentó una oposición enardecida en contra de Alfaro. Finalmente, en 1912, Eloy Alfaro y un grupo de funcionarios y militares de confianza fueron linchados en el parque El Ejido, en lo que el historiador ecuatoriano Alfredo Pareja Diez-Canseco llamaría “La Hoguera Bárbara”. José María Sarasti vivió con indignación e impotencia estos hechos y se retiró de la vida pública hasta su muerte, en 1926.
